Köstebekgiller: Ata Tohumu Muhafızları, Köstebekya'yı kurtarmak için zorlu bir mücadeleye girişen Köstebekgiller ve arkadaşlarının hikayesini konu ediyor. İhmaller organik ata tohumlarının yok olmasına neden olurken, dünya gıda krizine doğru sürüklenir. Köstebekgiller, Deniz ile kardeşi Arda'nın yardımıyla tohumların yok olmasına neden olan kötücül Profesör Ali Cengiz Kapkara’nın peşine düşer. Ekip, son ata tohumunu kötücül profesörden geri almak için zorlu bir maceraya atılır.