Sil Baştan, ayrıldığı sevgilisinden kalan hatırlarını sildiren bir adamın hikayesini anlatıyor. İki yıl boyunca beraber olduğu sevgilisinden oldukça şaşırtıcı bir haber alan Joel Barish, bir teknolojik deneye katılan sevgilisine ilişkilerini tamamen hafızasından silinmeden hatırlatmaya çalışmaktadır. Yani Barish’in kim olduğunu bile hatırlamamaktadır. Bu gelişme üzerine küplere binen adam, aynı prosedürü kendi üzerinde de gerçekleştirmek ister.

Film, adamın hafızaları silinirken, yaşanılan ilişkiyi gözler önüne serer. Adam da bir kez daha oldukça iyi başlayan ve sonradan tadı kaçan ilişkiyi izler. Fakat zaman geçtikçe ve sıra yaşanılan güzel şeylere gelince, üzerindeki müdaheleyi durdurmak ister. Pişman olmuştur!