Kaptan Pengu ve Arkadaşları 2, kuraklık, okyanus ve denizlerde yaşamı tehdit eden kirlilik, iklim değişikliği, doğal afetlerin artışı gibi sorunlarla ilgilenen, Kaptan Pengu önderliğindeki grubun yaşadıklarını konu ediyor. İnci Koyu'nda sürekli çöp toplamak zorunda kalan Maki, bu duruma bir çözüm bulmak ister. Bir yardım talebinde bulunmaya karar veren Maki, bunu bir müzik festivali düzenleyerek gerçekleştirmeye karar verir. Kahramanlar, bu süreçte başlarına gelen maceraların üstesinden gelerek unutulmaz bir müzik grubu kurar ve tüm sorunları çözecek bir planı uygulamaya başlar.